El BBS-Fiocruz está vinculado a la Vicepresidencia de Investigación y Colecciones Biológicas (VPPCB en portugués), teniendo una estrecha colaboración con las Colecciones Biológicas de la Fiocruz y la red Fiocruz de Biobancos. Además de contar con el apoyo de otras estructuras de la Presidencia de la Fiocruz.